Il-Klabb ġie fondat fl-1992, Pyunik (li tfisser "Phoenix") li rebħu rekort ta' 12-il Kampjonat Armen, 4 Tazzi Armeni u 6 Supercup Armena. Il-klabb huwa kkunsidrat bħala wieħed mill-aktar klabbs tal-futbol popolari fl-Armenja mill-istabbiliment tal-Premier League Armen fl-1992. Huma kienu fondati bl-isem Homenetmen Yerevan, u żammu dak l-isem sal-istaġun 1995–96, meta bidlu isimhom għall-Pyunik. Wara li rebħu t-titolu darbtejn bħala FC Pyunik, l-inkwiet beda bħala meta l-klabb beda problemi finanzjarji, u eventwalment tneħħew fl-1999.
L-era ġdida ta' Pyunik bdiet fl-2001, meta Pyunik assorbit lil FC Armenikum u awtomatikament kisbu l-promozzjoni għall- Premier League Armen mingħajr ma lagħbu logħba waħda fil-kampjonati baxxi. Is-Sid tal-klabb, negozjant sinjur Armen Ruben Hayrapetyan, ħaDU approċċ aktar bis-serjeta għall-klabb u ġabu plejers tajbin bħal Artavazd Karamyan u Arman Karamyan minn klabbs Armeni oħra. FC Pyunik ma kinitx sodisfatti b'dak li għandhom, u tejbu t-tim aktar billi jġibu xi maniġers barranin u plejers minn Mali, Kamerun, Arġentina u Rumanija. Dan il-bidla ġabet lura riżultati malajr, u Pyunik rebaħ it-titlu Armen u fl-istess sena rebħu t-Tazza Armena fl-2002. Aktar tard, għall-ewwel darba fl-istorja tal-klabb indipendenti Armenjan avvanzaw għat-tieni fażi fiċ-Ċampjins Lijg. Wara dan, il-klabb rebaħ it-titlu tal-Premier League Armen għaxar darbiet wara xulxin.
Iż-żewġ rivali ewlenin ta' Pyunik huma Ararat u Banants, madankollu, ir-rivalita ma Ararat hija ħafna aktar ħarxa minn dik ta' Banants. Ir-raġuni għal dan huwa għaliex Ararat huwa l-aktar klabb magħruf u maħbub ta' Yerevan minħabba l-kisbiet Sovjetika tiegħu, u Banants kienu oriġinarjament bbażati fir-reġjun ta' Kotayk, u kien biss imċaqalqa għal Yerevan fl-2001.