Il-klabb ilu jopera mill-1997,iżda inizjalment kellu isem differenti. Il-klabb oriġinarjament kien magħmul bl-isem ta ' Khazar University, l-ewwel università privata fl-Ażerbajġan li sabet il-klabb u nghaqadu fil-kampjonat tad-dilettanti fl-1997. Fl-1999, Khazar University bdew jilagħbu fil-Premier League Ażerbajġan u l-klabb spiċċa d-debutt tiegħu fil-11-il post.[2] Fis-snin sussegwenti, Inter spiċċaw fis-7 post fl-istaġun 2000-01 u t-3 post fl-istaġun 2003-2004. Fl-2002/03, il-kampjonat tal-pajjiż ma kienx miżmum.
Fl-itaġun 2003/04 it-tim mar tajjeb u spiċċa r-raba fl-istaġun. Dan ir-riżultat kiseb id-dritt li jkollhom post fil-UEFA Intertoto Cup għall-ewwel darba. Fl-ewwel rawnd tal-Intertoto Cup 2004, Khazar University għelbu lil SC Bregenz tal-Awstrija 3-0 fl-ewwel leg u logħba ssekwestrata fit-tieni leg.[3] Fit-tieni rawnd tat-turnament, Khazar University lagħbu kontra Tampere United tal-Finlandja. Il-klabb tilfu l-ewwel logħba 0-3, iżda rebħu l-vjaġġ tar-ritorn li saret f'Baku, 1-0. Khazar University tilfu bl-iskor indaqs fuq l-aggregat u kien barra mill-ewwel mill-Intertoto cup.[4]
Fis-sajf tal-2004, id-drittijiet kollha tal-Khazar University ġew trasferiti lill joħolqu mill-ġdid Inter Baku Professional Football Club, u t-tim ħa sehem fil-kampjonat tal-Premier League Ażerbajġan taħt l-isem ta' Inter Baku. Aktar tard fl-2004, bidliet strutturali saru f'ċerti ġestjoni tal-klabb, u Inter Baku issemmew mill-ġdid Inter Professional Club, li dakinhar spiċċaw l-istaġun 2004-2005 fis-7 post. Il-Progressjoni ta' Inter fil-klassifika kompliet fl-14-il iterazzjoni tal-Premier League Ażerbajġan meta Inter spiċċaw fir-raba' post.
Il-klabb irrepeta r-rendiment tiegħu fir-4 raba għal darb'oħra fl-istaġun 2006-07 qabel rebħu l-kampjonat fl-istaġun 2007-08. Wara rebħa tagħhom fil-kampjonat domestiku, Inter ikkwalifikaw għall-ewwel darba tagħhom fil-UEFA Champions League fl-2008 u avvanzaw għat-tieni fażi ta' kwalifikazzjoni minn fuq FK Rabotnički tar- Repubblika tal-Maċedonja bir-regola ta' gowls barra mid-dar.[5]
Shafa Stadium huwa stadju tal-futbol jinsab f'Baku u l-dar tal-klabb Inter Baku. L-istadju kien mibni fuq is-sit tal-istadju Termist fl-2011 u għandu kapaċità ta' 5,300 spettatur. L-istadju huwa mdawar minn oqsma ta 'prattika, il-bini ta' amministrazzjoni huma mibnijin ġodda f'lukanda ta' 4-star.
^
Official Khazar University website, ed. (2006). "Arts, Sports & Events" (bl-Ingliż). Parametru mhux magħruf |aċċessdata= injorat (għajnuna); Ċitazzjoni għandu parametrs mhux magħruf u vojt: |last= u |first= (għajnuna)